Neuroinformatika

SE Szentágothai Doktori Iskola, ELTE Biológia Doktori Iskola, Idegtudomány és humánbiológia program


2016/17. ősz

  • okt. 26.-nov. 2: Adatelemzési eljárások az idegrendszer kutatásban - Somogyvári Zoltán , slideok itt, és itt


    2014/15. ősz

    Tematika

    Anyagok funkcionális konnektivitás elemzéséhez:

    Az SPM toolbox honlapja. Ingyenes, de futtatásához Matlab szükséges. Felhasználói kézikönyv
    Az órán mutatott példához mérésleíró file. A ROI-k idősorai: V1, V5, PPC, PFC



    2012/13. ősz

    Tematika

    • szept. 12: Neurobiológiai vonatkozások: adatbázisok, nagy hatékonyságú, nagy felbontású mérések (sokeletktródás elvezetések, imaging (mikroszkóp, optical, képalkotó eljárások), gén-microarray), neurális interface-ek, protézisek, nagyléptékű és/vagy nagyon részletes modellek (Négyessy László) Az előadás diái: ppt, pdf
    • szept. 19: Adatbányászati technikák áttekintése (Bazsó Fülöp)
    • szept. 26: Ideghálózatok szerkezete: Szerkezetelemzés, legrövidebb utak, klaszterek, hidak, hiányzó kapcsolatok. Mitől "kérgi" egy hálózat? Az igraph bemutatása (BF)
    • okt. 3: Funkcionális konnektivitás vizsgálata fMRI adatok alapján (Bányai Mihály) Az előadás diái: pdf
    • okt. 10: Bevezetés a NEURON programcsomag használatába (Zalányi László)
    • okt. 17: Részletes sejtmodellek, hálózatok, mérések szimulációja (ZL)
    • okt. 24: A képalkotó eljárások matematikai elmélete és alkalmazásai (Somogyvári Zoltán)
    • okt. 31: EEG/MEG imaging, CT, mikroelektróda-rendszerek (SZ)
    • nov. 7: Bevezetés az R-be. Betekintés az expressziós chipek kiértekelésébe (GEO) (Solymosi Norbert) Az előadás diái: pdf
    • nov. 14: Bevezetés az EEGLAB-R kombó használatába (Tóth Dénes) Az előadás diái: pdf
    • nov. 21: Hierarchikus vagy ismétléses mérésű kísérleti dizájn, mixed-effect modellek (TD)
    • nov. 28: NGS: Next Generation Sequencing (Csabai István) Az előadás diái: pdf
    • dec. 5: Képfeldolgozás (Barsi Árpád) Az előadás diái: pdf

    Anyagok gráfelemzéshez:

    Példafile (majom kérgi áreák hálózata Olaf Spornstól, úgy kell elmenteni, hogy .graphml legyen a kiterjesztés)
    Az igraph csomag letöltése
    Telepítési instrukciók (Windows, Mac, Linux, kirajzolás beállítása)
    Függvényreferencia (a bal alsó mezőben az igraph.Graph linkre kell kattintani, aztán lehet a függvénynevek között keresni)

    Anyagok funkcionális konnektivitás elemzéséhez:

    Az SPM toolbox honlapja. Ingyenes, de futtatásához Matlab szükséges. Felhasználói kézikönyv
    Az órán mutatott példához mérésleíró file. A ROI-k idősorai: V1, V5, PPC, PFC

    Matlab script EEGLAB-elemzéshez: eeg_script_full.m