SE Szentágothai Doktori Iskola, ELTE Biológia Doktori Iskola, Idegtudomány és humánbiológia program
2022/23. ősz
- 09/06 Négyessy László: A neuroinformatika alapjai, diasor
- 09/13 Zalányi László: Bevezetés a NEURON programcsomag használatába
- 09/20 Zalányi László: Részletes sejtmodellek, hálózatok, mérések szimulációja
- 09/27 Solymosi Norbert: Gene expression analysis with an R intro, diasor
- 10/04 Somogyvári Zoltán: A képalkotó eljárások matematikai elmélete és alkalmazásai: EEG/MEG imaging, CT, mikroelektróda rendszerek
- 10/11 Somogyvári Zoltán: A jelfeldolgozas alapjai a Scilab segítségével
- 10/18 Fabó Dániel: EEG mérések epileptológiában és kognitív idegtudományban
- 10/25 Fabó Dániel: Digitális EEG elemzés a gyakorlatban
- 11/08 File Bálint: EEG feldolgozás gyakorlata és EEG a gyakorlatban, diasor
- 11/15 Bazsó Fülöp: Adatbányászati technikák áttekintése, jegyzet
- 11/22 Bazsó Fülöp: Példák, ideghálózatok
- 11/29 Csabai István: Data-intensive approach in science and medicine, diasor
- 12/06 Kapitány Kristóf: Digitális képfeldolgozás, diasor
- 12/13 Kapitány Kristóf: Digitális képfeldolgozás gyakorlat, link
2020/21. ősz
Tematika
- szept. 9: A neuroinformatika alapjai – Négyessy László, slideok itt
- szept. 16: Az idősorelemzés módszerei és alkalmazásai az elektrofiziológiában – Somogyvári Zoltán slideok itt, itt és itt
- szept. 23: A jelfeldolgozás alapjai a SciLab segítségével – Somogyvári Zoltán, slideok itt
- szept. 30: Bevezetés az R-be. Betekintés az expressziós chipek kiértekelésébe – Solymosi Norbert, slideok itt
- okt. 7: Bevezetés a NEURON programcsomag használatába – Zalányi László
- okt. 14: Részletes sejtmodellek, hálózatok, mérések szimulációja – Zalányi László
- okt. 21: EEG feldolgozás gyakorlata és EEG a gyakorlatban – File Bálint, slideok itt
- nov. 4: EEG mérések epileptológiában és kognitív idegtudományban – Fabó Dániel
- nov. 11: Digitális EEG elemzés a gyakorlatban – Fabó Dániel
- nov. 18: Adatbányászati technikák áttekintése – Bazsó Fülöp
- nov. 25: ideghálózatok szerkezete – Bazsó Fülöp
- dec. 2: Next Generation Sequencing, smart data – Csabai István, segédanyag itt
- dec. 9: A képfeldolgozás elméleti alpjai – Barsi Árpád, slideok itt
- dec. 16: Az ImageJ használata – Barsi Árpád
2018/19. ősz
Tematika
- szept. 12: A neuroinformatika alapjai – Négyessy László, slideok itt
- szept. 19: Adatbányászati technikák áttekintése – Bazsó Fülöp, slideok itt
- szept. 26: ideghálózatok szerkezete – Bazsó Fülöp
- okt. 3: Bevezetés az R-be. Betekintés az expressziós chipek kiértekelésébe – Solymosi Norbert, slideok itt
- okt. 10: Neurális aktivitás elvezetéseinek Bayes-i analízise – Bányai Mihály, slideok itt, futtatható kód itt
- okt. 17: Bevezetés a NEURON programcsomag használatába – Zalányi László, slideok itt és itt, hasznos információk itt
- okt. 24: Részletes sejtmodellek, hálózatok, mérések szimulációja – Zalányi László, slideok itt és itt
- okt. 31: A képalkotó eljárások matematikai elmélete és alkalmazásai: EEG/MEG imaging, CT, mikroelektróda rendszerek – Somogyvári Zoltán, slideok itt, itt és itt
- nov. 7: A jelfeldolgozás alapjai a SciLab segítségével – Somogyvári Zoltán, slideok itt
- nov. 14: EEG mérések epileptológiában és kognitív idegtudományban – Fabó Dániel, slideok itt
- nov. 21: Digitális EEG elemzés a gyakorlatban – Fabó Dániel
- nov. 28: A képfeldolgozás elméleti alpjai – Barsi Árpád, slideok itt
- dec. 5: Az ImageJ használata – Barsi Árpád
- dec. 12: Next Generation Sequencing, smart data – Csabai István, slideok itt
2016/17. ősz
okt. 26.-nov. 2: Adatelemzési eljárások az idegrendszer kutatásban – Somogyvári Zoltán , slideok itt, és itt
2014/15. ősz
Tematika
- szept. 16: Data intensive genomics (and biology and sciences) – Csabai István, slideok: pdf
- szept. 23: Bevezetés az R-be. Betekintés az expressziós chipek kiértekelésébe – Solymosi Norbert, slideok: pdf
- szept. 30: Permutation-based tests in the analysis of ERPs – Tóth Dénes, slideok: pdf
- okt. 7: fMRI adatlemezés – Gál Viktor , slideok: pptx 1, pptx 2
- okt. 14: Funkcionális konnektivitás vizsgálata fMRI adatok alapján – Bányai Mihály, slideok: pdf
- okt. 21: Bevezetés a NEURON programcsomag használatába 1 – Zalányi László
- okt. 28: Bevezetés a NEURON programcsomag használatába 2 – Zalányi László
- nov. 4-11: Adatelemzési eljárások az idegrendszer kutatásban – Somogyvári Zoltán , slideok itt, nyelvek összehasonlítása
- nov. 18: Bazsó Fülöp
- nov. 23: BF
- dec. 2:Képfeldolgozás Barsi Árpád, slideok itt
- dec. 9: Képfeldolgozás 2. – BÁ, slideok itt
- dec. 16: Bevezetés a neuroinformatikába – Négyessy László, slideok itt
Anyagok funkcionális konnektivitás elemzéséhez: Az SPM toolbox honlapja. Ingyenes, de futtatásához Matlab szükséges. Felhasználói kézikönyv Az órán mutatott példához mérésleíró file. A ROI-k idősorai: V1, V5, PPC, PFC
2012/13. ősz
Tematika
- szept. 12: Neurobiológiai vonatkozások: adatbázisok, nagy hatékonyságú, nagy felbontású mérések (sokeletktródás elvezetések, imaging (mikroszkóp, optical, képalkotó eljárások), gén-microarray), neurális interface-ek, protézisek, nagyléptékű és/vagy nagyon részletes modellek (Négyessy László) Az előadás diái: ppt, pdf
- szept. 19: Adatbányászati technikák áttekintése (Bazsó Fülöp)
- szept. 26: Ideghálózatok szerkezete: Szerkezetelemzés, legrövidebb utak, klaszterek, hidak, hiányzó kapcsolatok. Mitől “kérgi” egy hálózat? Az igraph bemutatása (BF)
- okt. 3: Funkcionális konnektivitás vizsgálata fMRI adatok alapján (Bányai Mihály) Az előadás diái: pdf
- okt. 10: Bevezetés a NEURON programcsomag használatába (Zalányi László)
- okt. 17: Részletes sejtmodellek, hálózatok, mérések szimulációja (ZL)
- okt. 24: A képalkotó eljárások matematikai elmélete és alkalmazásai (Somogyvári Zoltán)
- okt. 31: EEG/MEG imaging, CT, mikroelektróda-rendszerek (SZ)
- nov. 7: Bevezetés az R-be. Betekintés az expressziós chipek kiértekelésébe (GEO) (Solymosi Norbert) Az előadás diái: pdf
- nov. 14: Bevezetés az EEGLAB-R kombó használatába (Tóth Dénes) Az előadás diái: pdf
- nov. 21: Hierarchikus vagy ismétléses mérésű kísérleti dizájn, mixed-effect modellek (TD)
- nov. 28: NGS: Next Generation Sequencing (Csabai István) Az előadás diái: pdf
- dec. 5: Képfeldolgozás (Barsi Árpád) Az előadás diái: pdf
Anyagok gráfelemzéshez: Példafile (majom kérgi áreák hálózata Olaf Spornstól, úgy kell elmenteni, hogy .graphml legyen a kiterjesztés) Az igraph csomag letöltéseTelepítési instrukciók (Windows, Mac, Linux, kirajzolás beállítása) Függvényreferencia (a bal alsó mezőben az igraph.Graph linkre kell kattintani, aztán lehet a függvénynevek között keresni) Anyagok funkcionális konnektivitás elemzéséhez: Az SPM toolbox honlapja. Ingyenes, de futtatásához Matlab szükséges. Felhasználói kézikönyv Az órán mutatott példához mérésleíró file. A ROI-k idősorai: V1, V5, PPC, PFCMatlab script EEGLAB-elemzéshez:eeg_script_full.m