Neuroinformatika

SE Szentágothai Doktori Iskola, ELTE Biológia Doktori Iskola, Idegtudomány és humánbiológia program

2020/21. ősz

Tematika


2018/19. ősz

Tematika

  • szept. 12: A neuroinformatika alapjai – Négyessy László, slideok itt
  • szept. 19: Adatbányászati technikák áttekintése – Bazsó Fülöp, slideok itt
  • szept. 26: ideghálózatok szerkezete – Bazsó Fülöp
  • okt. 3: Bevezetés az R-be. Betekintés az expressziós chipek kiértekelésébe – Solymosi Norbert, slideok itt
  • okt. 10: Neurális aktivitás elvezetéseinek Bayes-i analízise – Bányai Mihály, slideok itt, futtatható kód itt
  • okt. 17: Bevezetés a NEURON programcsomag használatába – Zalányi László, slideok itt és itt, hasznos információk itt
  • okt. 24: Részletes sejtmodellek, hálózatok, mérések szimulációja – Zalányi László, slideok itt és itt
  • okt. 31: A képalkotó eljárások matematikai elmélete és alkalmazásai: EEG/MEG imaging, CT, mikroelektróda rendszerek – Somogyvári Zoltán, slideok ittitt és itt
  • nov. 7: A jelfeldolgozás alapjai a SciLab segítségével – Somogyvári Zoltán, slideok itt
  • nov. 14: EEG mérések epileptológiában és kognitív idegtudományban – Fabó Dániel, slideok itt
  • nov. 21: Digitális EEG elemzés a gyakorlatban – Fabó Dániel
  • nov. 28: A képfeldolgozás elméleti alpjai – Barsi Árpád, slideok itt
  • dec. 5: Az ImageJ használata – Barsi Árpád
  • dec. 12: Next Generation Sequencing, smart data – Csabai István, slideok itt

2016/17. ősz

okt. 26.-nov. 2: Adatelemzési eljárások az idegrendszer kutatásban – Somogyvári Zoltán , slideok itt, és itt


2014/15. ősz

Tematika

Anyagok funkcionális konnektivitás elemzéséhez: Az SPM toolbox honlapja. Ingyenes, de futtatásához Matlab szükséges. Felhasználói kézikönyv Az órán mutatott példához mérésleíró file. A ROI-k idősorai: V1V5PPCPFC


2012/13. ősz

Tematika

  • szept. 12: Neurobiológiai vonatkozások: adatbázisok, nagy hatékonyságú, nagy felbontású mérések (sokeletktródás elvezetések, imaging (mikroszkóp, optical, képalkotó eljárások), gén-microarray), neurális interface-ek, protézisek, nagyléptékű és/vagy nagyon részletes modellek (Négyessy László) Az előadás diái: pptpdf
  • szept. 19: Adatbányászati technikák áttekintése (Bazsó Fülöp)
  • szept. 26: Ideghálózatok szerkezete: Szerkezetelemzés, legrövidebb utak, klaszterek, hidak, hiányzó kapcsolatok. Mitől “kérgi” egy hálózat? Az igraph bemutatása (BF)
  • okt. 3: Funkcionális konnektivitás vizsgálata fMRI adatok alapján (Bányai Mihály) Az előadás diái: pdf
  • okt. 10: Bevezetés a NEURON programcsomag használatába (Zalányi László)
  • okt. 17: Részletes sejtmodellek, hálózatok, mérések szimulációja (ZL)
  • okt. 24: A képalkotó eljárások matematikai elmélete és alkalmazásai (Somogyvári Zoltán)
  • okt. 31: EEG/MEG imaging, CT, mikroelektróda-rendszerek (SZ)
  • nov. 7: Bevezetés az R-be. Betekintés az expressziós chipek kiértekelésébe (GEO) (Solymosi Norbert) Az előadás diái: pdf
  • nov. 14: Bevezetés az EEGLAB-R kombó használatába (Tóth Dénes) Az előadás diái: pdf
  • nov. 21: Hierarchikus vagy ismétléses mérésű kísérleti dizájn, mixed-effect modellek (TD)
  • nov. 28: NGS: Next Generation Sequencing (Csabai István) Az előadás diái: pdf
  • dec. 5: Képfeldolgozás (Barsi Árpád) Az előadás diái: pdf

Anyagok gráfelemzéshezPéldafile (majom kérgi áreák hálózata Olaf Spornstól, úgy kell elmenteni, hogy .graphml legyen a kiterjesztés) Az igraph csomag letöltéseTelepítési instrukciók (Windows, Mac, Linux, kirajzolás beállítása) Függvényreferencia (a bal alsó mezőben az igraph.Graph linkre kell kattintani, aztán lehet a függvénynevek között keresni) Anyagok funkcionális konnektivitás elemzéséhez: Az SPM toolbox honlapja. Ingyenes, de futtatásához Matlab szükséges. Felhasználói kézikönyv Az órán mutatott példához mérésleíró file. A ROI-k idősorai: V1V5PPCPFCMatlab script EEGLAB-elemzéshez:eeg_script_full.m